Santa Eulàlia era la patrona de la Coronela, força armada de Barcelona. La Coronela estava formada en bona part per artistes i menestrals, i s'organitzava en companyies, sota el comandament del conseller en cap del Consell de Cent de la ciutat. Tenia l’origen en l’antiga host de la ciutat, però es va anar reorganitzant fins a equiparar-se completament a una unitat militar professional. Fou una institució civil-militar permanent, armada i comandada per oficials a càrrec de la Corona, sotmesa a jurisdicció militar, i completament uniformada. Els colors del seu uniforme eren el blau i el grana.

Va jugar un paper especialment important en la defensa de la ciutat contra les tropes borbòniques durant la guerra de Successió, i especialment durant el darrer setge, a partir del juliol de 1713 i fins a l’11 de setembre de 1714. La Coronela va ser la primera institució dissolta pels borbònics en ocupar Barcelona, el 13 de setembre de 1714.

Des del segle XIV, en les principals ciutats de Catalunya que tenien unitats paramilitars, l’anomenada "Bandera de la Ciutat" era l'ensenya pròpia de les milícies de ciutadans en aquelles poblacions. En el cas de Barcelona, aquesta era la bandera de Santa Eulàlia, patrona de la Ciutat. Era una bandera reverenciada en extrem, que només era treta de la Casa de la Ciutat en casos de perill extrem.

En la fase crucial de la Batalla de l'11 de Setembre, la bandera de Santa Eulàlia fou portada al Baluard de Jonqueres per encoratjar el contraatac llançat per les tropes catalanes a les 7:00h del matí. Encapçalava el contraatac el Conseller en Cap de Barcelona, Rafael Casanova. La Bandera era custodiada per un grup de Prohoms destacats de Ciutat, al qual s'uniren espontàniament diversos barcelonins no armats.

El 13 de setembre de 1714 es firmà la capitulació de Barcelona i s'obriren les portes de la Ciutat. S’evità així, el saqueig de Barcelona. El 15 de setembre, ja ocupada la Ciutat, les tropes borbòniques exigiren l'entrega del Penó (i/o Bandera) de Santa Eulàlia, conjuntament amb la Bandera de la Generalitat, la de Sant Jordi, i les altres 42 banderes de les companyies de la Coronela. Les banderes foren dutes, com a botí de guerra, a  Madrid. Aquest fet causà gran commoció a la ciutat de Barcelona degut al gran valor simbòlic que s’atorgava a aquesta bandera.

L'any 1981 s'ordenà la reconstrucció de la Bandera de Santa Eulàlia per part de l'Ajuntament de Barcelona. Es presentà públicament l'any 1983 i se n'ha limitat l'exhibició a una esporàdica presència durant les Festes de Santa Eulàlia.